Colinda al Norte con los municipios de Jalpa de Méndez, Centla y Centro; al E con el municipio de Centro; al Sur con los municipios de Centro y Cunduacán; y al Oeste con los municipio de Cunduacán y Jalpa de Méndez. 

Extensión

La extensión territorial del municipio es de 488.37 kilómetros cuadrados, los cuales corresponden al 2.1 % respecto del total del Estado., ocupa el 13° lugar en la escala de extensión municipio. 

Su división territorial está conformada por: 1 ciudad., 11 pueblos, 28 Rancherías, 14 ejidos., 3 congregaciones y 3 fraccionamientos rurales. 

En el municipio se ubican 6 centros de desarrollo regional en los que se desarrollan la mayoría de las actividades económicas y sociales, que son: Lomitas, Sandial, Taxco, Oxiacaque, Guatacalca y Mázate UPA. 

Orografía

Este municipio es de relieve completamente bajo, careciendo de elevación alguna, ésta característica hace que el municipio sea uno de los que tienen mayor superficie inundadle en el Estado Tiene una altitud de 10 Metros Sobre el Nivel del Mar. 

Hidrografía

El territorio está regado por una gran cantidad de ríos, arroyos y lagunas. Los ríos de mayor importancia son: Carrizal, Samaria, Cunduacán, Nacajuca, González, Calzada, San Cipriano y Jahuactal. 

El ecosistema predominante en el municipio es el pantano o popales, en el que se desarrolla una rica variedad de flora y fauna. Pese a la condición inhóspita de este ecosistema para el hombre, hay evidencias que desde tiempos remotos y durante el desarrollo de las culturas precolombinas, el hombre ha encontrado en el pantano una fuente de alimentos (lagartos, peje lagartos y tortugas principalmente) y en la flora (lirios acuáticos) una gran provisión de materia prima para elaboración de fibras textiles. Durante mucho tiempo, la explotación irracional de estos recursos ha afectado este ecosistema al grado de poner en peligro de extinción a las principales especies de la fauna del pantano. 

Otros ecosistemas que podemos encontrar en el municipio. De Nacajuca son las zonas lacustres, el acahual, las zonas ribereñas y pequeñas porciones de bosque. 

Las lagunas de mayor importancia son: Cantemó, La Ramada, Desagüe y Pucté. 


Cabe señalar que en la zona lacustre hacia mediados de los años 70s, se establecieron los llamados camellones chontales, cuya intención era combinar tierras para cultivos de hortalizas y el desarrollo de la piscicultura